公共部门薪酬管理是公共部门实施管理活动的前提和基础，它直接影响公共管理活动的正常开展。 目前、我国以政府机关为代表的公共部门薪酬管理状况不容乐观、管理中存在许多不足之处，
(一) 公共部门的运行机制面临挑战
现行的公务员运行机制不能适应经济社会发展的要求。薪酬和晋升是我国公共部门的两大主要激励机制、二者作用的发挥都以绩效考核为重要依据。 由于绩效考核功能的弱化，薪酬、晋升与实际绩效的关系存在不确定性、从而降低了薪酬和晋升的激励作用;同时，作为行政部门的激励机制较为规范化、制度化和严格化，激励机制的灵活性不够、激励效果不明显。
(二)考核流于形式，难以形成激励
公共部门进行绩效考核时，大多数由上级领导来完成。然而工作绩效是多维度的、不同个体对同一绩效得出的结论是不相同的、 因此这种考核方式信息面较窄。难以保证考核的客观性和公正性。考核标准不明确。 《公务员法》规定公务员考核的内容是德、能、勤、绩、廉五个方面。 同时注重考核工作实绩。
(三)职位分类制度尚未科学化
职位是薪酬管理的组织基础。职位分类是指在工作分析的基础上、依据工作性质、繁简程度、责任轻重和所需资格条件，区分若干具有共同特色的职位加以分类、并作为公共部门人力资源分类标准的一种管理制度。 目前我国职位分类还不发达。公务员的分类系统仍以领导职务和非领导职务的划分为主、而且在实际操作中缺乏具体的工作分析、职位评价和工作说明书等实质性内容、特定的职位要求的职责和条件通常没有明确的规定。此外，对于国家权力机关和党群团体的工作人员、 目前参照国家公务员制度进行管理、仍旧是“不同类型干部。 同一模式管理”
(四)公共部门薪酬管理信息基础薄弱
信息是薪酬管理的数据源和分析源。 目前公共部门薪酬管理信息，大多限于人员状况、薪酬、培训、绩效考核等方面的简单数据、对人力资源的信息管理也只是对这些原始数据的收集、录入和简单处理，缺乏深入分析，未能充分利用计算机、 网络等工具、实现薪酬管理信息的电子化。 同时。公共部门人力资源信息有不充分、不对称情况、信息分析和利用的工具存在不适用等问题。信息基础的薄弱，使得公共部门薪酬管理信息共享性不足，进而导致公共部门薪酬管理决策的低效。
